黑龙江流域自8世纪中国唐朝起是中国的内河，后成为辽国疆域，一直到元朝是中国领土，隶属岭北行省和辽阳行省，中国元朝军队在此驻扎，成为元朝内河。明朝至清朝时为中国领土。在中国清朝时期黑龙江流域部分属黑龙江将军辖区，流域部分属吉林将军辖区：1652年，清廷派兵驻守，宁古塔、盛京两昂邦章京并存，东北地区被划分为两大军事驻防区域，也为两个行政区域。
习惯上将黑龙江分成上、中、下游3段。上游始于石勒喀河与额尔古纳河汇流处，终于结雅河口（在西伯利亚城市海兰泡），长约880公里（550哩）。中游从结雅河延伸至哈巴罗夫斯克，长约960公里（600哩）。从哈巴罗夫斯克至河口为下游，长亦约为960公里。
