黄山自然环境条件复杂，生态系统稳定平衡，植物垂直分带明显，群落完整，还保存有高山沼泽和高山草甸各一处，是绿色植物荟萃之地，森林覆盖率为56%，植被覆盖率达83%。黄山野生植物有1452种，黄山上属国家一类保护的有水杉，二类保护的有银杏等4种，三类保护的8种，有石斛等10个物种属濒临灭绝的物种，6种为中国特有种，黄山特有2种，首次在黄山发现或以黄山命名的植物有28种，尤以名茶“黄山毛峰”、名药“黄山灵芝”驰名中外。 黄山动物种类300多种，有梅花鹿、黑麂、毛冠鹿、苏门羚、长尾雉等14种中国国家级保护的野生动物。
