水质保证是每一个供水工程中很重要的一环。广东粤港供水有限公司水环境监测中心目前肩负着东深供水工程沿线的水质监测、分析评价、沿线污染源监控和水质科研工作，捍卫东深供水的水质安全。同时作为粤海水务集团的中心实验室，还具有为水司提供技术支持和监控水司水质状况等职能。
广东粤港供水有限公司水环境监测中心中心实验室面积约1200平方米，配备气相色谱质谱仪（GC-MS） 、液相色谱串联质谱仪（LC-MS/MS） 、电感耦合等离子体质谱仪（ICP-MS） 等大型国际先进仪器设备，设备价值逾3000万元。中心2011年初导入ISO17025国际标准体系，2012年成功获得CNAS实验室认可证书（注册号：CNAS L5586），已获认可项目超过350项。目前中心检测能力不仅完全覆盖国内地表水、饮用水、污水三大水质标准，还扩展至标准外热点项目及世卫组织饮用水卫生准则检测指标，检测能力达500余项。
粤海水务集团依托实验室信息管理系统（LIMS），构建以水环境监测中心为核心，辐射各水司的全方位水质监测网，对水司进行全流程水质监测与防控，实现水质监控集团化部署，实验室检测智能化、信息化全流程管理。
